В соответствии со статьей 214.1 Налогового кодекса РФ Вы должны уплатить налог в размере 13 процентов от дохода по операции купли-продажи ценных бумаг. При этом из продажной стоимости акций для уплаты налога Вы можете вычесть суммы документально подтвержденных расходов на приобретение, реализацию и хранение ценных бумаг, фактически произведенных Вам, в частности:

оплата услуг, оказываемых депозитарием;

комиссионные отчисления профессиональным участникам рынка ценных бумаг,;

биржевой сбор (комиссия);

оплата услуг регистратора;

другие расходы, непосредственно связанные с куплей, продажей и хранением ценных бумаг, произведенные за услуги, оказываемые профессиональными участниками рынка ценных бумаг в рамках их профессиональной деятельности.

В соответствии с пунктом 2 части 1 статьи 220 Налогового кодекса Вы, ваш супруг и ваши родители имеют право на предоставление имущественного налогового вычета в сумме, израсходованной на приобретение на территории Российской Федерации квартиры. Максимальный размер вычета составляет 1 000 000 рублей (с 1 января 2009 года его поднимают до 2 000 000 рублей).

При этом, Вы с супругом имеете право на предоставление вычета в размере одной восьмой от суммы вычета каждый (по 250 000 руб.), а ваши родители по три восьмых от суммы вычета каждый (по 750 000 руб.).

Налоговый вычет предоставляется с суммы, полученных Вами доходов. То есть за 2008 год Вы лично можете получить максимальный вычет в 2009 году в сумме 32 500 руб. (250 000 * 13%).

Провести зачет по налогу на доходы от продажи акций не получится. Вы должны сначала уплатить налог, а лишь затем получить вычет. Единственное исключение, которое допускает закон, это получение имущественного налогового вычета по налогу, который за Вас уплачивает ваш работодатель по основному месту работы.