В соответствии со статьей 21 Федерального закона от 08.11.2007 №259-ФЗ «Устав автомобильного транспорта и городского наземного электрического транспорта»

1. При проезде в транспортном средстве, осуществляющем регулярные перевозки пассажиров и багажа, пассажир имеет право:

1) перевозить с собой бесплатно в городском и пригородном сообщении детей в возрасте не старше семи лет без предоставления отдельных мест для сидения, за исключением случаев, предусмотренных частью 2 настоящей статьи;

2) перевозить с собой бесплатно в междугородном сообщении одного ребенка в возрасте не старше пяти лет без предоставления отдельного места для сидения, за исключением случаев, предусмотренных частью 2 настоящей статьи.

2. В случаях, если в установленном порядке запрещена перевозка в транспортных средствах детей без предоставления им отдельных мест для сидения, пассажир имеет право перевезти с собой двух детей в возрасте не старше двенадцати лет с предоставлением им отдельных мест для сидения за плату, размер которой не может составлять более чем пятьдесят процентов провозной платы.

3. Пассажир обязан иметь при себе документ, который подтверждает возраст ребенка, перевозимого с предоставлением преимуществ по провозной плате, указанных в частях 1 и 2 настоящей статьи, и который в обязательном порядке предъявляется по первому требованию лиц, осуществляющих контроль за оплатой проезда.

Поэтому, если речь шла о перевозке в транспортном средстве городского или пригородного сообщения без предоставления отдельных мест для сидения, то Вы были абсолютно правы. Количество детей в возрасте до 7 лет, которые можно перевозить бесплатно, ничем не ограничено. До вступления в силу вышеназванного закона такое ограничение существовало, поэтому, вполне возможно, контролер не знал о его отмене.