В соответствии со статьей 129 Трудового кодекса РФ заработная плата (оплата труда работника) -  это вознаграждение за труд в зависимости от квалификации работника, сложности, количества, качества и условий выполняемой работы, а также компенсационные выплаты (доплаты и надбавки компенсационного характера, в том числе за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных, работу в особых климатических условиях и на территориях, подвергшихся радиоактивному загрязнению, и иные выплаты компенсационного характера) и стимулирующие выплаты (доплаты и надбавки стимулирующего характера, премии и иные поощрительные выплаты).

В соответствии со статьей 133 Трудового кодекса РФ месячная заработная плата работника, полностью отработавшего за этот период норму рабочего времени и выполнившего нормы труда (трудовые обязанности), не может быть ниже минимального размера оплаты труда.

Таким образом, в соответствии с ныне действующей редакцией Трудового кодекса РФ, месячная заработная плата работника не может быть ниже минимального размера оплаты труда с учетом, в том числе и районного коэффициента, как надбавки компенсационного характера за работу в особых климатических условиях.

Поэтому в данном случае верна позиция вашей бухгалтерии.

Данные изменения закреплены Федеральным законом от 30.06.2006 года №90-ФЗ "О внесении изменений в Трудовой кодекс Российской Федерации, признании не действующими на территории Российской Федерации некоторых нормативных правовых актов СССР и утратившими силу некоторых законодательных актов (положений законодательных актов) Российской Федерации" и вступили в силу с 6 октября 2006 года.

До этого момента в величину минимального размера оплаты труда действительно не включались доплаты и надбавки, премии и другие поощрительные выплаты, а также выплаты за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных, за работу в особых климатических условиях и на территориях, подвергшихся радиоактивному загрязнению, иные компенсационные и социальные выплаты.